Army Men: RTS xoay quanh câu chuyện chính về tên Đại tá điên khùng Blintz của phe Green gặp nạn khi đang làm nhiệm vụ đã đột ngột biến thành phe Tan và dẫn dắt binh lính dưới sự chỉ huy của hắn chiếm đóng gác mái trong một ngôi nhà lớn xây dựng thành một căn cứ vững chắc với hệ thống phòng thủ kiên cố từ trong ra ngoài căn nhà để từ đó dễ dàng điều quân sang xâm lược lãnh thổ phe Green. Chính vì vậy mà viên Đại tá Grimm, nhà lãnh đạo phe Green đã gọi người anh hùng trứ danh Sarge trở lại chỉ huy quân đội phe Green đột kích phá vỡ phòng tuyến của phe Tan và bắt sống tên phản đồ mất trí này.

Khởi đầu game, Sarge được hộ tống bới các thành viên của biệt đội Bravo với nhiệm vụ bảo vệ sân trước để chui vào sân vườn phá hủy một cái đèn vườn và dẫn đầu một cuộc tấn công vào cửa trước do quân Tan chiếm giữ, sau trận quyết chiến, cả đội phát hiện ra rằng nó đã bị khóa chặt. Grimm buộc phải liên lạc với Sarge qua radio và khuyên cả nhóm có thể xâm nhập vào nhà bằng cửa sổ tầng hầm. Sau khi phá hủy một căn cứ của phe Tan gần vị trí cửa sổ, Sarge và các thành viên biệt đội mới nhảy xuống tầng hầm. Một khi lọt vào trong tầng hầm Sarge, Riff, Scorch, Hoover, Thick và người mới đến Bullseye phải chiến đấu với lũ kiến hung dữ và mở đường máu xuyên qua tầng hầm. Grimm lại liên lạc với Sarge và nói với anh rằng Blintz đã gửi máy bay ném bom tới giết họ. Cả đội vội vàng chèo lên cầu thang vào nhà bếp trước khi các máy bay ném bom đến kịp. Trong nhà bếp, Sarge giám sát việc tái thiết căn cứ quân sự của phe Green ở dưới bàn và điều quân phá hủy các ụ súng phòng không trước khi được không vận tới cao điểm. Sau đó, anh dẫn quân Green thực hiện cuộc tấn công vào một nhà máy của Blintz được xây dựng trong bồn rửa chén trước khi di chuyển vào phòng khách.

Tại đây, cả đội phải lãnh nhiệm vụ bảo vệ một chiếc PlayStation 2 mà phe Tan dùng làm như một nguồn năng lượng. Blintz liên lạc với nhóm thông qua cái TV phòng khách và nói với Sarge là họ chẳng là gì cả y hệt như một món đồ chơi. Biệt đội Bravo sau đó di chuyển đến chân cầu thang, nơi họ thiết lập một căn cứ quân sự và hộ tống các dân làng bằng nhựa an toàn băng qua phòng khách. Sarge và các thành viên khác leo lên cầu thang và phải tả xung hữu đột mở đường qua bồn đánh răng rửa mặt phòng tắm trong khi bị lũ kiến truy đuổi liên tục. Để thoát hiểm buộc cả nhóm phải nhảy ra khỏi bồn rửa chén và chỉ bị bắt giữ khi vào phòng tiếp theo. Chỉ duy nhất anh chàng dò mìn chết nhát Hoover là trốn thoát được và giúp quân lính Green trong việc xây dựng căn cứ quân sự và đưa quân đột kích thẳng vào khu căn cứ phe Tan nhằm giải cứu cả đội an toàn.

Sau đó, biệt đội Bravo tìm đường vào gác mái, và phá hủy một chiếc cầu mô hình xe lửa mà Blintz dùng để vận chuyển các nguồn tài nguyên vào các khu căn cứ quân sự của hắn. Họ tiến xa hơn vào gác mái để rồi phát hiện ra Vikki đã ở đây từ trước, đang định quá giang một chuyến đi với đoàn trực thăng. Cô nói với họ về một đoàn tàu hỏa có thể đi xa hơn vào chỗ gác mái và cả đội sẽ chiến đấu mở đường tiến vào chiếm ga xe lửa rồi đáp tàu đi sâu vào bên trong khu vực đầu não của Blintz. Tại đây, Sarge chợt phát hiện ra binh lính phe Tan đang bắt giữ con kiến chúa. điều này giải thích lý do vì sao chúng chỉ tấn công nhắm vào quân Green. Sarge có thể chọn một trong hai cách có hoặc không giải thoát con kiến chúa; sau khi cho quân bắn vỡ cái lọ kiến chúa sẽ thoát và toàn bộ ký sinh trùng trong căn nhà sẽ bản bội Blintz. Tiếp đó toàn bộ quân Green tiến hành cuộc tổng tấn công vào căn cứ địa cuối cùng của Blintz. Ngay tại nơi đây, Blintz tự mình rào chắn cố thủ trong pháo đài của hắn buộc quân Green phải tràn vào tống cổ hắn ra ngoài. Trong đoạn cắt cảnh cuối cùng, đích thân Sarge tự tay lôi cổ Blintz và dần cho hắn một trận nên thân, cùng lúc ấy Grimm gửi lời chúc mừng anh qua đài phát thanh, hứa sẽ đãi bữa tiệc "bánh và kem".